Монгольское время (XIII – XVII вв.)
В 1207 г. Кыргызское государство было захвачено монгольскими войсками под командованием сына Чингисхана – Джучи. Кыргызы вместе с другими народами Саяно-Алтая на протяжении XIII века подымали восстания против монголов. В ответ монголы выселяли их на чужие земли. На территорию Минусинской котловины и Тувы они переселяли земледельцев и ремесленников, захваченных в плен. В результате смешения этих новых групп с местными населением, в XV – XVII вв., складывается ядро современных хакасского и тувинского этносов.
Письменных источников по истории Саяно-Алтая в этот период немного. Основным занятием степных племен являлось полукочевое скотоводство. Разводили лошадей, верблюдов, коров и овец. Земледельческое хозяйство после монгольского вторжения пришло в упадок. В примитивном виде оно сохранилось только в подтаежных районах.
Вооружение кыргызских воинов было похожим на монгольское. К этому времени относятся находки плоских наконечников стрел монгольского типа, фрагментов панцирных доспехов и железных шлемов.
К началу XVII на территории Минусинской котловины существовало 4 княжества – Тубинское, Езерское, Алтырское и Алтысарское. Эти государственные образования находились в зависимости от северо-монгольских Алтын-Ханов и джунгаров (калмыков). В нач. XVIII в. эта территория была присоединена к Российской империи.